南海神廟碼頭遺址位于南海神廟浴日亭南面的河涌東旁。一處是明代古碼頭遺址,另一處在南海神廟的正門"海不揚波"牌坊前，屬清代古碼頭遺址。該兩處遺址已按原狀保存。

南海神廟是隋唐以來朝廷祭祀海神的場所，也是南海海上絲綢之路的重要歷史見證。廟前發現的清代碼頭和廟西的臨海一面的明代碼頭、接官亭、官道等石構遺跡，以及明代碼頭北面發現的北宋長廊、明代放生池等遺跡，是南海神廟歷史地理變遷的物證。